כיצד מוצאים את סוג המוטציה הגנטית?
המוטציות הגנטיות השכיחות הינן:
-
נונסנס (מוטצית פסק בעברית)
-
מיסנס (מוטצית סלף בעברית)
-
פריים שיפט (מוטצית היסט בעברית)
-
ספלייס סייט (שינוי באתר שחבור בעברית)
-
אין פריים (הוספה\מחיקר בתוך מסגרת הקריאה)
במאמר הזה נסביר כיצד ניתן לדעת איזו סוג של מוטציה גנטית יש לכם
מה נדרש ממך ?
בשביל למצוא את סוג המוטציה, רשית עלייך לפתוח את הדוח הגנטי. דוח שמכיל את הכתובת של המוטציה בצורה דומה לדוגמא שמופיעה כאן מתחת. המידע לא חייב להיות מסודר בטבלה, או עם כותרות זהות, העיקר שיהיה בו את מידע.
הדוגמא שלפנינו מכילה את הנתונים הבאים:
שם הגן - לכל גן יש שם, בדרך כלל הוא כולל מספר אותיות ולפעמים גם מספרים. בדוגמא שלפנינו שם הגן הוא CHD2.
נוקלאוטיד- הנוקלאוטיד מציין את הכתובת של המוטציה בתוך הגן. הוא תמיד יתחיל באות C ונקודה לאחריה. אפשר לקרוא את הדוגמא בצורה הבאה - בגן CHD2 במיקום 3937 היתה אמורה להופיע האות C, אבל במקומה התחלפה אות, והאות T מופיעה במקומה.
חלבון - התיאור של החלבון תמיד מתיל באות P ולאחריו נקודה. הרישום מסביר את ההשפעה הצפויה של המוטציה על החלבון. בדוגמא שלנו קוראים את זה כך - בחלבון, במיקום 1313 היתה אמורה להיות חומצה אמינית בשם ארגינין (בקיצור ARG), אבל במקומה נוצר קודון פסק שמסומן בדוגמא הזו בכוכבית (לא תמיד מסמנים כך קודון פסק).
בדוגמא שלפנינו יש מוטציה מסוג נונסנס - החלפה של אות אחת שגורמת להופעת קודון פסק.
הדרך הכי קלה
פשוט לקרוא את הדוח הגנטי ולחפש האם מופיעה בו סוג המוטציה. הרבה פעמים סוג המוטציה מופיע בדוח. משרד הבריאות הישראלי ניאות לבקשתנו והחל מיולי 2020 יצאה הוראה למכונים הגנטיים בארץ לציין את שם המוטציה באופן ברור בדוחות הגנטיים. גם בדוחות ישנים יותר קיימת סבירות שסוג המוטציה יכתב בדוח, אבל ישנה גם סבירות שזה לא נכתב.
דרך נוספת - לחפש ברשת
כשאתם ניגשים לעשות בדיקה גנטית, כמו אקסום, באחד המסמכים יכול להיות שחתמתם על סעיף שמאפשר לשתף את המידע שלכם בצורה אנונימית עם המדע. המידע הזה עושה את הדרך שלו למאגרים ציבוריים שפתוחים לציבור ללא שום עלות. אנחנו נשתמש בבסיס נתונים שכזה בשביל למצוא את סוג המוטציה.
1. נכנסים לאתר בשם Genecards
2. בשורת החיפוש כותבים את שם הגן
3. בוחרים את שם הגן מתוך רשימת התשובות
4. בחלק העליון של המסך, יש אינדקס של קיצורי דרך - בוחרים במילה Variants
5. המקום אליו הגעתם מכיל את רשימת המוטציות בגן, אבל היא מוצגת באופן מקוצר.בשביל לראות את כל הרשימה יש ללחוץ על See All
6. כעת יש למיין את הרשימה בעזרת לחיצה על הכותרת בעמודה השלישית (שם העמודה משתנה בין גנים שונים)
7. יש לחפש את הכתובת של המוטציה כפי שהיא מופיעה בדוח הגנטי, מאחר והדוח ממוין ניתן למצוא זאת די בקלות.
8. בעמודה האחרונה, ניתן לראות את סוג המוטציה.
והנה המוטציה שהצגנו כדוגמא, כפי שהיא מופיעה באתר:
מה אם לא מצאתי ?
זו בהחלט אפשרות. המידע הציבורי לא מכיל את כל המוטציות הקיימות בעולם, רק את אלו שנתרמו למדע. אם אתה לא מוצא באתר את סוג המוטציה, הדרך הטובה ביותר היא לשאול את היועץ הגנטי שנתן לכם את הדוח. עבור גנטיקאי זוהי משימה קלה מאד.
למה זה בכלל חשוב ?
Different mutations have different therapeutic strategies:
For nonsense mutations, there is a unique therapeutic approach that is gene agnostic. You can learn about this over here: "what is a nonsense mutation".
Splice site mutations can be suitable for a technology known as antisense oligonucleotides. There are families that used this technology to develop personalized drugs for their loved ones (FDA approved) Patient-Customized Oligonucleotide Therapy for a Rare Genetic Disease
As science progresses more therapies may arise that are specific for the different mutations types.